Voorafgaand aan de eerste fondsronde (in 2018) stelde het bestuur van het Barth-Misset Fonds, samen met partijen uit en rond de veehouderij (waaronder veeartsen, onderzoekers, vertegenwoordigers van NGO’s en transporteurs), een dierenwelzijnsagenda op. De thema’s daaruit zijn richtinggevend bij het kiezen van onderwerpen voor reflectie-activiteiten. Soms is het gekozen thema ook leidend voor de fondsronde. Projectaanvragen die aansluiten bij het betreffende thema krijgen dan bij gelijke geschiktheid de voorkeur boven aanvragen waarvoor dat niet geldt. Of er een thema geldt voor een fondsronde staat, voorafgaand aan de start van de ronde, altijd duidelijk vermeld op de website.
Thema’s die in de afgelopen jaren voorbij kwamen zijn bijvoorbeeld ‘Transport’ en ‘Het Maakbare Dier’. Bij ‘Transport’ stond de vraag centraal hoe veetransport te vermijden, te verminderen of te verbeteren is. Onder de noemer ‘Het Maakbare Dier’ kwamen fysieke en primair op effectieve productie gerichte ingrepen bij dieren, zoals het verwijderen van hoorns en staarten, aan de orde.
Een derde onderwerp dat sturend was luidde ‘Beter boeren: voor dier, klimaat en boer’. Uitgangspunt daarbij was de omstandigheid dat maatregelen ter vermindering van de uitstoot van stikstof en broeikasgassen door de veehouderij nodig zijn met het oog op een gezonde leefomgeving en het klimaat. Maar als we een echt duurzame systeemwijziging willen realiseren, mogen zulke maatregelen niet ten koste gaan van dierenwelzijn en moeten ze voor boeren haalbaar en betaalbaar zijn. Met het thematiseren van dit vraagstuk wilde het Barth-Misset Fonds het debat hierover aanmoedigen en innovaties (mee)financieren die op de genoemde drie aspecten winst opleveren.
Bij fondsrondes zonder specifiek thema is verbetering van dierenwelzijn in de brede zin van het woord het uitgangspunt. Ook daarbij gaat het uiteraard specifiek om dieren die gehouden worden in de intensieve veehouderij: koeien, kippen, varkens en geiten.