Het Barth-Misset Fonds stelt jaarthema’s op aan de hand van een dierenwelzijnsagenda. Die agenda is in 2017 in samenspraak met diverse partijen in en rond de veehouderij opgesteld. De jaarthema’s zijn richtinggevend bij de beoordeling van projectaanvragen. Het eerste thema (2018-2019) was ‘transport’. Projectaanvragen die bijdroegen aan vervanging, vermindering of verbetering van veetransport hadden de voorkeur.
Het tweede thema is ‘het maakbare dier'. In de periode 2020-2021 staan fysieke, op effectievere productie gerichte ingrepen bij dieren centraal. Het fonds financiert in die twee jaren bij voorkeur projecten die erop gericht zijn deze ingrepen te vervangen door diervriendelijke(r) praktijken. Aanvragen die op een ander vlak bijdragen aan dierenwelzijn in de veehouderij zijn ook mogelijk, maar bij gelijke geschiktheid krijgen aanvragen die aansluiten bij het jaarthema voorrang.
Het derde thema is Beter boeren voor klimaat, boer en dier. Maatregelen ter vermindering van de uitstoot van stikstof en broeikasgassen door de veehouderij zijn nodig met het oog op milieu en klimaat. Maar als we een echt duurzame systeemwijziging willen realiseren, mogen zulke maatregelen niet ten koste gaan van dierenwelzijn en moeten ze voor boeren haalbaar en betaalbaar zijn. Het Barth-Misset Fonds wil innovaties (mee)financieren die op al die drie aspecten winst opleveren.